Stéphane Stoll dołączył do Grupy Bouygues w 1994 roku, rozpoczynając karierę w Bouygues SA jako doradca specjalny Dyrektora Generalnego ds. Budownictwa. Następnie przez pięć lat pracował w zespołach audytu wewnętrznego Grupy.

W 2002 roku przeszedł do Bouygues Energies & Services (wówczas ETDE), gdzie wspierał rozwój działalności w obszarze usług zarządzania obiektami – najpierw na stanowiskach związanych z finansami, a później operacyjnych.

W 2010 roku został Sekretarzem Generalnym Bouygues Energies & Services, natomiast w 2017 roku objął stanowisko Zastępcy Dyrektora Generalnego odpowiedzialnego za rozwój, innowacje i transformację cyfrową.

Po przejęciu  od grupy Alpiq jednostek Energies & Services w lecie 2018 roku, został mianowany Dyrektorem Generalnym Kraftanlagen w Niemczech, gdzie przez trzy lata kierował procesem integracji i restrukturyzacji spółki.

W 2021 roku stanął na czele segmentu Energies & Industry w Bouygues Energies & Services.

W styczniu 2023 roku dołączył do Equans, gdzie do lipca 2025 roku kierował działalnością w regionie Europy Centralnej oraz segmentami Data Centers i Solar & Storage Energies.

Stéphane Stoll został mianowany Zastępcą Dyrektora Generalnego i Dyrektorem Finansowym Grupy Bouygues, ze skutkiem od 1 sierpnia 2025 roku, dołączając tym samym do Komitetu Zarządzającego.